Ο εμπνευστής της «Κιβωτού», μετά από τις αρχικές αμήχανες τηλεοπτικές του εμφανίσεις έσπευσε να διαψεύσει όσους τον κατηγορούν λέγοντας πως πρόκειται για «ανυπόστατα ψεύδη» ενώ όλες αυτές τις ημέρες στο πλευρό του παραμένει η πρεσβυτέρα Σταματία Γεωργαντή. Υπενθυμίζεται ότι, πέραν του πατρός Αντωνίου, τη διοίκηση της «Κιβωτού» είχε ένα 7μελές Διοικητικό Συμβούλιο, του οποίου προΐστατο η πρεσβύτερα. Από τη Δευτέρα πάντως και μετά από σύσκεψη που έγινε στο Μαξίμου, τόσο ο πατήρ Αντώνιος όσο και η πρεσβυτέρα ξηλώθηκαν από τη διοίκηση της «Κιβωτού».
Η Κιβωτός του Κόσμου είναι μία από τις δύο μεγαλύτερες, πλέον προβεβλημένες και καλύτερα οργανωμένες, εκ των πραγμάτων πιο ισχυρές δομές παιδικής προστασίας στην Ελλάδα. Σε μεγάλο βαθμό, ελέω της προσωπικής αίγλης του ιδρυτή της, η Κιβωτός έφτασε να αποτελεί σταθερό σημείο αναφοράς, να είναι σχεδόν «πανταχού παρούσα» στον τομέα δράσης της. Απόδειξη της δημοφιλίας και της εκτίμησης που απήλαυε η Κιβωτός του Κόσμου και προσωπικά ο πατήρ Αντώνιος είναι το γεγονός ότι τα τελευταία χρόνια, η παράκληση των συγγενών σε πολλές κηδείες ήταν να κατατίθενται χρήματα στους τραπεζικούς λογαριασμούς του φορέα εις μνήμην του τεθνεώτος αντί για στέφανα, άνθη κ.λπ.
Καθώς συμπληρώνει 23 χρόνια λειτουργίας, η Κιβωτός του πατέρα Αντωνίου είχε κατακτήσει το status του αυτονόητου αποδέκτη, όχι μόνο εκκλήσεων για βοήθεια και παρέμβαση, αλλά και χορηγιών οποιασδήποτε μορφής. Από την εθελοντική εργασία και τη δωρεάν προβολή του έργου της έως τις υλικές προσφορές (σε τεχνικό εξοπλισμό, καύσιμα και αναλώσιμα, εισιτήρια και υπηρεσίες, πληρωμή ενοικίων κ.τ.λ. – ακόμη και με την παραχώρηση ολόκληρων κτιρίων ή απλώς χρημάτων), η ενίσχυση της Κιβωτού θεωρούνταν απολύτως ασφαλής, υπεράνω οποιασδήποτε υποψίας. Εξάλλου, με κάθε ευκαιρία οι διοικούντες την δομή τόνιζαν ότι η μόνη πηγή εσόδων για την Κιβωτό του Κόσμου είναι οι δωρεές, μιας και δεν χρηματοδοτείται, αμέσως ή εμμέσως, από δημόσιους φορείς – ασχέτως που και αυτό αποδείχθηκε αναληθές, μετά από το «πάγωμα» της χρηματοδότησής της από το υπουργείο Οικονομικών.
Εκπέμποντας εμμέσως το μήνυμα ότι καμία δωρεά προς την Κιβωτό δεν σπαταλιέται, καμία δεν πάει χαμένη, ότι όλα «πιάνουν τόπο», πάντα προς όφελος των παιδιών που στερούνται και υποφέρουν. Και οι χορηγοί όντως συνωστίζονταν στο κατώφλι της Κιβωτού, καθώς η οργάνωση εντάχθηκε σε έναν ιδιότυπο «συρμό», τον οποίο επιχειρήσεις κάθε κατηγορίας και μεγέθους, μαζί με πλήθος μεμονωμένων πολιτών, διασήμων και αφανών, έσπευδαν να ακολουθήσουν.
Είναι ακριβώς τα ίδια πρόσωπα τα οποία πλέον συνωστίζονται στην έξοδο και την ταχύτερη δυνατή αποποίηση οποιασδήποτε σχέσης με την Κιβωτό, μετά από την χιονοστιβάδα των καταγγελιών. Ενδεικτικά, αμέσως μόλις δημοσιοποιήθηκαν οι καταγγελίες περί παρενοχλήσεων, κακοποίησης παιδιών κ.λπ, ο ΕΦΚΑ ανακοίνωσε ότι ματαιώνει την παραχώρηση ακινήτου στην Κιβωτό. Η τηλεπαρουσιάστρια Ρούλα Κορομηλά δήλωσε εξοργισμένη, συνειδητοποιώντας πλέον ότι η αγαθή προαίρεσή της και η προθυμία να πληρώνει ορισμένα ενοίκια χώρων που χρησιμοποιούσε η Κιβωτός την οδήγησαν εν αγνοία της στο να στηρίζει έναν φορέα αμφίβολης ηθικής επιφάνειας.
Οι αλλεπάλληλες βραβεύσεις, οι διακρίσεις, η διαρκής προβολή στα ΜΜΕ του φιλανθρωπικού έργου που επιτελεί περιθάλποντας εκατοντάδες παιδιά, εκλαμβάνονταν σαν πιστοποίηση ότι η Κιβωτός είναι μια νησίδα ανιδιοτελούς αγαθοεργίας, εστιασμένη στο παιδί και τη μητέρα. Εως σήμερα έχει αναπτυχθεί ένα δίκτυο παραρτημάτων ανά την Ελλάδα, καθώς ο οργανισμός της γίνεται ολοένα και πιο σύνθετος, πολυάνθρωπος και αντιστοίχως δαπανηρός. Μολονότι τα ακριβή οικονομικά στοιχεία της Κιβωτού «εθελοντικού μη κερδοσκοπικού οργανισμού μέριμνας και προστασίας μητέρας και παιδιού» δεν δημοσιοποιούνται, εύκολα συνάγεται ότι πρόκειται για έναν φορέα με κύκλο εργασιών πολλών εκατοντάδων χιλιάδων ευρώ – τουλάχιστον.