Το Σάββατο 29 Ιουνίου στις 22:25 ξεκινά η εξάρθρωση της τρομοκρατικής οργάνωσης. Στα χέρια του μέλους της Σάββα Ξηρού σκάει η βόμβα που είχε επιχειρήσει να τοποθετήσει στα εκδοτήρια εισιτηρίων στο λιμάνι του Πειραιά. Αρχικά όλοι νόμισαν ότι επρόκειτο για τυχαίο περιστατικό. Μάλιστα, όταν ενημερώθηκε από τον Νασιάκο ο τότε υπουργός Δημόσιας Τάξης Μιχάλης Χρυσοχοΐδης που ήταν στη Βέροια, όπως διηγήθηκε ο ίδιος στην εκπομπή, αντέδρασε: «Ασε με είμαι χάλια, θέλω να κοιμηθώ, πες στο Λιμενικό να ασχοληθεί, αρμοδιότητά του είναι» είπε. Ωστόσο, περίπου μία ώρα αργότερα, επικοινώνησε μαζί του πάλι ο Φώτης Νασιάκος και τον ενημέρωσε ότι το περιστατικό «είναι πάρα πολύ σοβαρό, μυρίζει τρομοκρατία».
Ο Ξηρός μεταφέρεται βαριά τραυματισμένος στο Τζάνειο όπου, όπως αποκαλύπτεται, ένα ζευγάρι πήγε να ρωτούσε για την υγεία του. Τα μέτρα ασφαλείας στην περιοχή της έκρηξης ενισχύονται. Εντοπίζεται μια δεύτερη ωρολογιακή βόμβα που εξουδετερώνεται με ελεγχόμενη έκρηξη. Ο Φώτης Νασιάκος λέει ότι όταν του μετέφερε ο πυροτεχνουργός ότι η δεύτερη βόμβα είχε δύο ρολόγια, μοτίβο που χρησιμοποιούσε η 17Ν σε όλες της βομβιστικές επιθέσεις που έκανε, πείστηκε 100% ότι πρόκειται για 17 Ν. Το μετέφερε μάλιστα στον Χρυσοχοΐδη τηλεφωνικώς: «Είναι 17. Ξεκινάμε!». Ο τότε υπουργός Δημόσιας Τάξης μαθαίνει τα νέα, μπαίνει στο αυτοκίνητό του και οδηγεί με δαιμονισμένη ταχύτητα. Στο ύψος της Λαμίας τον σταματά αστυνομικός ο οποίος δεν τον αναγνωρίζει . «Πώς πας έτσι; Τρελός είσαι;». Στο τέλος τον αφήνει να φύγει. Φτάνει ξημερώματα στην Αθήνα και ενημερώνει το πρωί τον τότε πρωθυπουργό Κώστα Σημίτη «χωρίς πολλές λεπτομέρειες». Χτυπά συναγερμός, κινητοποιούνται όλοι, από FBI μέχρι Scotland Yard και μαζεύονται στο γραφείο του τότε πρωθυπουργού.
Στα εγκληματολογικά εργαστήρια επικρατεί αναβρασμός. Επάνω στον Ξηρό βρέθηκε ένα πιστόλι με σβησμένο σειριακό αριθμό και «καθαρό» χωρίς να έχει χρησιμοποιηθεί σε επίθεση. Καταφέρνουν να τον ανακτήσουν και προκύπτει ότι είναι του αστυνομικού Χρήστου Μάτη που δολοφονήθηκε από τη 17Ν το 1988 στα Πετράλωνα κατά τη διάρκεια ληστείας.
Ωστόσο κανείς δεν ξέρει την ταυτότητα του ανθρώπου που τραυματίστηκε. Γίνεται άρση απορρήτου και διαπιστώνουν τις συνομιλίες με την περιοχή Βαρνάβα και την Σωτηροπούλου και καταλήγουν στο όνομά του: Σάββας Ξηρός. Κανείς δεν τον γνωρίζει από τις διωκτικές αρχές. Ωστόσο, ταυτοποιείται το αποτύπωμά του με την δολοφονία Περατικού. Αξιωματικός μπουκάρει στο γραφείο του αρχηγού της ΕΛΑΣ και τους λέει: «Εχουμε 17 Ν». «Ήταν μια συγκλονιστική στιγμή, άρχισαν να χειροκροτούν όλοι, να κλαίνε. Ηταν ιστορική στιγμή πολιτικά. Είχαμε πια στα χέρια μας έναν τρομοκράτη της 17Ν » θυμάται ο Μιχάλης Χρυσοχοΐδης.
Ο αρχιεκτελεστής Δημήτρης Κουφοντίνας περιφράφει την δική του εκδοχή για την έκρηξη. «Δεν ήταν ένα απλό ατύχημα. Έσπρωξε και ξανάσπρωχνε τη βόμβα για να μην υπάρξουν θύματα» υποστηρίζει.
Ο Αλέξης Παπαχελάς θέτει το ερώτημα στον Κουφοντίνα : «Ο Σάββας θα μπορούσε να μιλήσει. Πέρασε από το μυαλό σου ότι θα έπρεπε να τον τελειώσεις εκείνη την ημέρα;». Εκείνος απαντά: «Είναι μια κρίσιμη απόφαση. Ό,τι αποφασίσεις είναι σωστό και ταυτόχρονα είναι λάθος» απάντησε και πρόσθεσε: «Εμείς βλέπουμε αλλιώς τον σύντροφο. Θυμάμαι μετά την έκρηξη όταν πληροφορήθηκε ο τότε πρωθυπουργός Σημίτης ότι ενδεχομένως υπάρχει κάποιο μέλος είπε προσέξτε μη χάσετε το δώρο. Αυτό είναι μια αντίληψη, ότι είναι μια αποθήκη πληροφοριών, εμείς έχουμε μια άλλη άποψη από το αξιακό μας σύστημα» απαντά και προσθέτει: «Πάλι το ίδιο θα έκανα».
Επίσης για πρώτη φορά στην ελληνική τηλεόραση, προβλήθηκαν τα βίντεο που τράβηξε η αστυνομία μέσα από τις δύο γιάφκες της 17Ν και πως ξεκίνησε ένας μαραθώνιος στα εγκληματολογικά εργαστήρια, που οδήγησε στη δημοσιοποίηση της πρώτης φωτογραφίας που έβαλε ένα πρόσωπο στο φάντασμα της εγχώριας τρομοκρατίας.
Αξιωματικοί της αστυνομίας αποκάλυψαν τον τρόπο που ξεκλείδωσαν τα ευρήματα που ανακάλυψαν το βράδυ της έκρηξης και πως τους οδήγησαν με μαθηματική ακρίβεια στη σύλληψη των μελών της 17Ν. πίσης οι αξιωματικοί που όργωσαν την Ελλάδα σε ένα απίστευτο ανθρωποκυνηγητό για τον εντοπισμό του Δημήτρη Κουφοντίνα.
